一万年前，亚特兰蒂斯得到了名为山铜的物质，创造了伟大的文明。但山铜的力量却让人们慢慢变得腐朽，最后成为怪物，国王达姿在亲手斩杀变成怪物的王后之后，自己也成为了山铜的代理人，将亚特兰蒂斯毁灭。

在决斗都市大赛获胜的武藤游戏带着3张神之卡在记忆石板前准备进行仪式，但石板却被黑暗力量冰封，其后神秘组织多玛的三剑客突然出现并抢去了神之卡。游戏等人面对无法破坏的山铜结界处境非常艰难。

多玛组织的目的是利用一万年前出现的山铜的力量，使用山铜结界夺取决斗败者的人的灵魂为祭品，从而使潜藏于地球深处的黑暗之神苏醒

大邪神索克终于复活了，一众神官和法老王奋力抵抗着索克的进攻，但是全部都被打败，连三幻神都无法抵抗索克的力量。

另一方面，表游戏与朋友们在陵墓中苦苦寻找着则寻找法老王的真名，却遭遇埋伏已久的暗貘良袭击，表游戏与貘良展开决斗。貘良将表游戏逼入绝境，但最后表游戏反败为胜，彻底消灭了暗貘良的最后人格。其后得到真名的众人一同前往战场，并告诉了暗游戏他的真名——阿图姆。阿图姆将三幻神奉献召唤出光之创造神哈拉克提，彻底消灭了大邪神索克，赢得了这场究极黑暗游戏的胜利。

潜藏在塞特心中的黑暗在最后一刻爆发出来，几乎将阿图姆完全消灭。但塞特在琪莎拉的帮助下最终战胜了黑暗的心，阿图姆将王位交托给塞特，拜托他成为一名好的法老王，王之记忆篇结束。

成功打倒帕加索斯后，海马濑人回到了海马集团，随后发现五巨头与帕加索斯接触的阴谋。为了夺回海马集团，海马接受了五巨头的条件，进入虚拟世界中进行战斗。如果在战斗中失败，就会永远被困在虚拟世界。

海马濑人的弟弟海马圭平为了解救受困的哥哥，找到了游戏等人。游戏等人进入了虚拟世界，与海马汇合。

面对五巨头召唤的五神龙，游戏与海马共同战斗，游戏将自己的混沌战士和海马的青眼究极龙融合诞生了究极龙骑士，成功击败了五神龙。

决斗之仪篇

阿图姆为了回到冥界，被伊西斯与马利克告知需要在冥界之门前进行决斗仪式，让冥界之门判定自己的去向，而决斗的对手就是自己的伙伴武藤游戏。两人倾尽全力展开了对决。最后阿图姆试图用死者苏生复活奥西里斯的天空龙，但游戏打开了之前封印着死者苏生的封印之黄金柜。阿图姆明白游戏的心意，最后由游戏获得了胜利，他已经超越了阿图姆，成为真正的自己。阿图姆向众人道别，回到昔日的同伴身边，随着冥界之门的关闭，七件神器也永坠地狱。而成长为唯一的自己后的游戏擦掉了眼泪，开始了新的故事。

后传：THEDARKSIDEOFDIMENSIONS

跟暗游戏的最后决斗结束后一年，游戏他们看似已经重返日常。

那时面前出现神秘少年“蓝神”。同时，全世界不断发生神秘失踪事件。海马则一心只顾寻找千年积木。

乃亚篇

发生在决斗都市8强比赛后前往半决赛的地方的时候，突然从海底浮出了巨大的要塞阻止了众人的前行。作为海马濑人的养父海马刚三郎的亲生儿子乃亚，因为对海马逼死了他的父亲而怀恨在心，所以他将海马等人劫入要塞并由连接终端拖入一个虚幻的电脑世界里进行决斗，想要报一箭之仇。在那个世界里危机重重，之前被困在虚拟世界的海马集团五巨头也为乃亚效力，在各处埋伏，想要夺取他们的身体回到现实世界。海马在与乃亚的决斗中为了能够救弟弟海马圭平而放弃打败乃亚的机会被变成石像，暗游戏接替海马继续进行决斗。在决斗的过程中朋友们都被变成石像，但游戏仍然相信彼此的羁绊，最终打败了乃亚。其后海马也打败了潜藏于电脑世界的海马刚三郎，使大家脱离了危险。[8]

多玛篇

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001武藤游戏 (第2/3页)

8强比赛改为在海马集团的飞艇上进行。暗游戏首先用奥西里斯的天空龙击败了暗貘良。在4强比赛中，游戏击败了海马，海马将欧贝利斯克的巨神兵与恶魔的圣域交给了游戏。决战中与马利克操控的太阳神的翼神龙展开了激斗，游戏成功击败马利克，将马利克的黑暗人格埋葬，也终于将三幻神齐集。[7]

王之记忆篇

暗游戏得到自称是夏迪派来的使者的男人波巴沙的指引，进入了自己与黑暗大神官阿克纳帝的记忆组成的王之记忆世界中，与暗貘良展开了究极的RPG黑暗游戏。另一方面，想要帮助另一个自己的表游戏，与朋友们一起进入了这个RPG游戏的世界中。暗游戏作为法老王和盗贼王貘良展开激战，在即将击败貘良之际，却被大邪神的沙漏影响而落败。

几块拼图全部拼合之时，决斗的序幕又再次揭开了！

动画原创

虚拟世界篇

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