北方陆军的其他部分改革则相对缓慢，九边和辽东驻地的帝队依然保留了卫所制度，并且以各种理由抵制改革，当地的多数将领视军队为私产，使得军队的战斗力低下，这也为日后帝国陆军的分裂埋下了祸根。

海军方面，改革推行以后，海军部正式接管了对于帝国水域所有舰船、军用港口和官兵的管理，因为明朝海军的最基本统计都没做过，所以海军部由张子云主持，组成了一个由雷斯卡、林镇远、邓昭为首的海军调查委员会，他们耗费了大半年，调查了大量的资料数据，为帝国海军的建设提供了第一手资料，根据海军调查委员会的报告，天启三年，海军部公布了帝国海军建设大纲，海军部计划在未来的五到十年内，在旅顺、威海卫、登州等地建立帝国本土舰队港口，舰队任务范围包括辽东、山东、朝鲜以及日本海域，在松江、基隆建设帝国东海舰队港口，舰队任务范围包括浙江、台湾以及协助南洋和本土舰队行动；在广州、吕宋张家坡等地建设帝国南海舰队以及港口，其作战范围包括南洋、东南亚以及远海地区。

海军调查委员会的报告中还提出了建设战列舰的计划，这项计划得到了海军部的赞同。

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第三卷附录二：天启时代的帝国军队 (第2/3页)

文武官员都有，文官一般是该地区的总督，武官则一般是中央的中将以上军衔军官，这也是日后帝队对海外战事所采取的常规手段。

相对于南方建立起强大的帝队，北方的反应则相当的迟缓，天启三年，陆军部向兵部建议，在九边一线，进行小规模的军事改制，孙承宗则建议，由徐光启负责，改组负责京师守卫的三大营，建立新的军事力量，但遭到了强烈反对，孙承宗本来想强制推行这项改革，但是最终爆发了“荫封徐鹏案”，在三大营的荫封户徐鹏在兵部服毒自尽之后，三大营的改制最终被迫停止。

天启皇帝登基之后，在张子云和设在南京的帝国中央陆军学校的帮助之下，为皇帝训练了一支皇家禁卫团，后来在孙承宗的倡议之下，将该团的规模扩大为六个团，这六个团完全接受模范军军官的军事训练，所有军官也全部在帝国中央陆军学校受训，使得这六个团成为了北方明军中最具战斗力的部队。

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